स्वास्थ्य विभाग बीएमसी के अधिकार क्षेत्र के तहत विभिन्न केंद्र और राज्य वित्त पोषित परियोजनाओं के साथ एनयूएचएम योजना के कार्यान्वयन के लिए जिम्मेदार है। स्वास्थ्य विभाग बीएमसी के तहत तीन (3) अस्पतालों (दो प्रसूति अस्पताल और एक सामान्य अस्पताल) के कामकाज की निगरानी भी करता है और अस्पताल के कर्मचारियों को वेतन प्रसंस्करण और भुगतान के साथ इन अस्पतालों को दवाओं और उपकरणों की आपूर्ति सुनिश्चित करता है। बारह (12) शहरी प्राथमिक स्वास्थ्य केंद्रों (यूपीएचसी) के कामकाज की निगरानी भी स्वास्थ्य विभाग द्वारा की जाती है। केंद्र और राज्य सरकार द्वारा वित्त पोषित विभिन्न परियोजनाएं यूपीएचसी के माध्यम से कार्यान्वित की जाती हैं।

स्वास्थ्य विभाग की कार्यक्षमता दवा और चिकित्सा उपकरणों की खरीद और परियोजनाओं को लागू करने के लिए है जो केंद्र या राज्य सरकार द्वारा वित्त पोषित हैं।